Isla Mujeres è emersa come destinazione per lo snorkeling negli anni '70, quando Jacques Cousteau ha identificato le sue barriere coralline come tra le più limpide dei Caraibi occidentali.
L'isola sorge sopra il Sistema della Barriera Corallina Mesoamericana, la seconda formazione corallina più lunga della Terra, che si estende per 1.100 chilometri dallo Yucatán all'Honduras. La visibilità qui supera regolarmente i trenta metri, una funzione delle acque oligotrofiche dei Caraibi e della posizione dell'isola al di fuori delle principali interruzioni di corrente.
La barriera corallina di Manchones, il sito in acque basse più visitato, copre quaranta ettari a profondità comprese tra i tre e i dieci metri. Ospita oltre cinquecento specie di coralli e funge da vivaio per pesci angelo, cernie di Nassau e tartarughe verdi. La tassa di conservazione di 20 USD, riscossa da ogni subacqueo, finanzia la manutenzione delle boe, il ripristino dei coralli e le pattuglie di controllo all'interno dei confini del parco marino. Dal 2009, i ricercatori hanno trapiantato qui oltre 12.000 frammenti di corallo utilizzando il metodo Reef Ball, substrati artificiali che accelerano la colonizzazione dei polipi.
Il museo subacqueo MUSA, installato nel 2010 dallo scultore britannico Jason deCaires Taylor, colloca 500 figure in cemento a grandezza naturale attraverso Manchones e Punta Nizuc. Le sculture fungono da substrato artificiale per la barriera corallina; il cemento marino a pH neutro incoraggia l'insediamento di alghe e larve di corallo. Entro tre anni, l'80 percento delle statue ha mostrato incrostazioni di corallo di fuoco, corallo cerebriforme e gorgonie molli. L'installazione ridistribuisce la pressione dello snorkeling lontano dalle fragili barriere coralline naturali, creando al contempo nuove zone di aggregazione ittica.
Le partenze per il tour di snorkeling a Isla Mujeres da Cancun avvengono quotidianamente tra le 9:00 e le 18:00, con la maggior parte degli operatori che salpano da Puerto Juárez o Playa Tortugas. La traversata richiede dai venticinque ai quaranta minuti a seconda del tipo di imbarcazione. I catamarani offrono stabilità in condizioni di mare agitato; i motoscafi più piccoli riducono i tempi di transito ma sacrificano lo spazio sul ponte. I tour includono solitamente da due a tre siti di snorkeling, ruotando tra Manchones, il museo e la barriera corallina di Garrafón sulla punta meridionale dell'isola. La temperatura dell'acqua si mantiene costante sui 26–28°C tutto l'anno, richiedendo solo maglie protettive per la protezione solare anziché isolamento termico.
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