Isla Mujeres s'est imposée comme une destination de snorkeling dans les années 1970, lorsque Jacques Cousteau a identifié ses récifs comme étant parmi les plus clairs de l'ouest des Caraïbes.
L'île repose sur le système récifal mésoaméricain, la deuxième plus longue formation corallienne au monde, s'étendant sur 1 100 kilomètres du Yucatán au Honduras. La visibilité y dépasse régulièrement les trente mètres, une caractéristique due aux eaux oligotrophes des Caraïbes et à la position de l'île en dehors des perturbations majeures des courants.
Le récif de Manchones, le site en eau peu profonde le plus visité, couvre quarante hectares à des profondeurs comprises entre trois et dix mètres. Il abrite plus de cinq cents espèces de coraux et sert de nurserie pour les poissons-anges royaux, les mérous de Nassau et les tortues vertes. Les frais de conservation de 20 USD — collectés auprès de chaque plongeur — financent l'entretien des bouées, la restauration des coraux et les patrouilles de surveillance dans les limites du parc marin. Depuis 2009, des chercheurs y ont transplanté plus de 12 000 fragments de corail en utilisant la méthode Reef Ball, des substrats artificiels qui accélèrent la colonisation des polypes.
Le musée sous-marin MUSA, installé en 2010 par le sculpteur britannique Jason deCaires Taylor, place 500 figures en ciment grandeur nature à travers Manchones et Punta Nizuc. Les sculptures servent de substrat récifal artificiel ; le béton marin à pH neutre favorise l'installation d'algues et de larves de corail. En trois ans, 80 % des statues présentaient des incrustations de corail de feu, de corail cerveau et de gorgones molles. L'installation redistribue la pression du snorkeling loin des récifs naturels fragiles tout en créant de nouvelles zones de regroupement de poissons.
Les excursions de snorkeling à Isla Mujeres au départ de Cancún ont lieu quotidiennement entre 9h00 et 18h00, la plupart des opérateurs partant de Puerto Juárez ou Playa Tortugas. La traversée dure de vingt-cinq à quarante minutes selon le type de bateau. Les catamarans offrent une stabilité par temps agité ; les vedettes plus rapides réduisent le temps de trajet mais sacrifient l'espace sur le pont. Les excursions incluent généralement deux à trois sites de snorkeling, en alternant entre Manchones, le musée et le récif de Garrafón à la pointe sud de l'île. La température de l'eau reste stable entre 26 et 28 °C toute l'année, ne nécessitant que des t-shirts anti-UV pour la protection solaire plutôt qu'une isolation thermique.
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